上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女陈源认出边萦和边昌的时候，追杀的和被追杀的几十人也都看见了飞奔过来的陈源，于是很奇异的一幕出现了，除了还在飞奔过去的陈源，追杀的和被追杀的居然纷纷被领头的喊住了。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定..