在都市内出现了连续女姓被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰…… 风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战！更加巧合的是你的同学凌莲和丁磊就在星主殿的那些人里，丁磊看见我，就喊着让我把飞车借给他们，可是那个时候我还没把备用能量块装好，结果，星主和丁磊他们来不及开我的飞车逃走，而追杀他们的那些黑衣人却把我当成了星主殿一伙的。
